A gestão técnica do Programa CYTED encontra-se organizada por meio de comités especializados nas áreas temáticas definidas como prioritárias pela Assembleia Geral. Cada Comité de Área é composto por quatro vogais e um Coordenador de Área. Os vogais são nomeados pelo Secretário-Geral em consulta com os ONCYT, procurando manter um equilíbrio entre diferentes perfis profissionais e países.
Os Comités de Área têm como função estabelecer as diretrizes científico-tecnológicas das convocatórias, colaborar na avaliação das propostas, fazer o acompanhamento das ações atuais, bem como promover o Programa CYTED e as suas atividades.
Existem oito áreas temáticas nas quais estão enquadradas as atividades do Programa CYTED. São áreas prioritárias para a região ibero-americana, estabelecidas pela Assembleia Geral, nas quais se concentram os esforços científico-tecnológicos e de inovação. Cada uma delas conta com um coordenador especializado, que lidera um comité responsável por analisar as necessidades regionais no que diz respeito à área em questão e, com base nessas necessidades, elaborar uma proposta de ação.