En el ámbito de la Agroalimentación CYTED promueve la excelencia de la investigación en producción, procesamiento y conservación de alimentos, para contribuir a la solución de problemas de seguridad alimentaria (disponibilidad, distribución e inocuidad), así como aumentar el valor agregado de los productos agropecuarios, de la pesca y la acuicultura, en función de lo que demandan los mercados. El Área pretende ser promotor efectivo del desarrollo y adaptación de nuevas tecnologías, así como de la mejora de las tradicionales para poder elevar el nivel competitivo del sector agroalimentario y de la calidad de vida de las sociedades iberoamericanas.

En el área de Salud, CYTED apuesta a mejorar las condiciones generales de salud de la población iberoamericana a través de la utilización y desarrollo de modernas tecnologías e innovaciones en los ámbitos relativos a enfermedades infecciosas, salud pública y epidemiología, biotecnología médica, enfermedades crónicas y degenerativas, y medicamentos, que atiendan las múltiples necesidades el diverso índice de desarrollo de los diferentes países del Programa. Esta Área integra varias áreas de actuación iberoamericanos tales como biomedicina, tecnologías para la salud y el bienestar, biotecnología, biología fundamental, química fina farmacéutica y medicina tradicional.

El desarrollo industrial en Iberoamérica cubre una extensa variedad por lo que esta área abarca sectores de ciencia y tecnología igualmente variados, que abordan aspectos relativos a las materias primas e insumos involucrados, procesos de transformación, instalaciones, materiales, mantenimiento, deterioro y vida útil. Los productos resultantes, los efluentes industriales generados y su disposición ambiental, el ciclo de vida técnico y económico de los productos y sistemas, así como como el impacto socio económico de la actividad en cuestión y el grado de desarrollo de la sociedad en la que se pretende implantar determinan las líneas de investigación y convocatorias del Área.

Esta área tiene como fin promover el desarrollo de los recursos naturales y culturales, alimentación, salud, biodiversidad, medio ambiente y recursos energéticos limpios, de forma que se atiendan las necesidades del presente sin comprometer la capacidad de las generaciones futuras de Iberoamérica. Para conseguir estos objetivos se promueven actividades tendientes a desarrollar y aplicar estrategias enfocadas al manejo responsable de los recursos naturales en los niveles regionales y locales.

Esta área incluye todas aquellas ciencias, tecnologías y aplicaciones relacionadas con la adquisición, almacenamiento, tratamiento, comunicación, difusión, y uso de la información entendida en su sentido más amplio. La aplicación generalizada de estas tecnologías ha generado transformaciones profundas en las sociedades y ha contribuido a aumentar la distancia entre países desarrollados y aquellos en vías de desarrollo. Los objetivos y actividades en esta área se orientan a disminuir esta brecha impulsando proyectos enfocados en mejorar el nivel de formación y capacitación, en la identificación de posibles nichos de mercado asociados a sectores económicos estratégicos para la región, en la puesta en marcha de proyectos de investigación y desarrollo que se apoyen en las infraestructuras nacionales de cada uno de los países signatarios y en asegurar una transferencia tecnológica hacia las PYMES de los sectores industriales.

Esta área tiene como fin hacer la ciencia más accesible y estimular el involucramiento de los ciudadanos iberoamericanos en los avances científico tecnológicos, considerando que las actuales tecnologías y procesos de innovación afectan variables medioambientales, socioculturales y socioeconómicas, aún en los desarrollos que buscan una mejor calidad de vida para la población.

El Área de Energía promueve el acceso universal a los servicios energéticos en Iberoamérica, pilares del desarrollo socioeconómico y la calidad de vida. Las mejoras constantes en la producción y uso de estos recursos permean los proyectos adscriptos a este Área, entre los que se incluyen un mayor uso de fuentes renovables, la potenciación del ahorro energético, la diversificación de fuentes de energía y la búsqueda de nuevos portadores energéticos.

El Área de Incubadoras de Base Tecnológica promueve la colaboración y la innovación entre empresas y centros de investigación o instituciones de educación superior con miras al aumento de la competitividad de las industrias nacionales dentro de la comunidad iberoamericana. De esta forma se facilita a los emprendedores el acceso a mercados y fondos internacionales así como a nuevas tecnologías y a la innovación.

Los Proyectos en Temas Estratégicos son proyectos de investigación y desarrollo tecnológico entre grupos de los países CYTED que se financian tanto con fondos CYTED como con aportes externos de los países integrantes a través de sus organismos nacionales (ONCYT). Los proyectos deberán ser relevantes desde los puntos de vista de Investigación e Innovación, tendrán carácter trans-nacional y su duración tendrá un máximo de tres años